Gyrinocheilus aymonieri predilige le acque ben ossigenate delle zone con corrente e rapide. frequenta le acque vive dove il fondo è coperto da ciottoli, legno o foglie trasportate dalla corrente. Può essere avvistato non lontano dalle cascate e nelle zone ricoperte di muschio nelle vicinanze.
Questo animale vive in zone caratterizzate dalla presenza abbondante di vegetazione (piante acquatiche e palustri, materiale organico in decomposizione, rami…).
Il terreno è generalmente composto da di sabbia e di ciottoli.
Gyrinocheilus aymonieri